單細胞測序樣本制備儀，基于Drop-seq技術*，完成高通量的單細胞mRNA 3’端測序。

　　氣候變化驅動的珊瑚疾病爆發導致珊瑚種群普遍減少。早期關于珊瑚基因組學的研究表明，珊瑚具有復雜的先天免疫系統，全轉錄組基因表達研究揭示了珊瑚免疫系統對壓力和疾病的反應機制。

　　本研究擴展了可用于研究珊瑚分子生理學的生物信息學數據，通過匯編和注釋加勒比珊瑚礁珊瑚Orbicella faveolata的參考轉錄組。由圣路易斯華盛頓大學的研究人員領導的一個小組 在2010年波多黎各的溫水熱異常，珊瑚褪色事件和加勒比黃帶病爆發期間收集樣本。

　　在本研究中取樣的菌落的代表性圖像。

　　(A)無癥狀。

　　(B)加勒比黃帶病。

　　(C)部分漂白的菌落。

　　(D)完全漂白的菌落。

　　(E)加勒比黃帶病和漂白。

　　E. Weil的照片。

　　Illumina GAIIx平臺上的RNA的多重測序和Trinity的從頭轉錄組裝配分別產生70,745,177個原始短序列讀數和32,463個O. faveolata轉錄物。參考轉錄組用基因本體注釋，映射到KEGG途徑，并產生預測的20,488個序列的蛋白質組。研究了跨越Phyla調節先天免疫所需要的蛋白質家族和信號通路。該結果用于開發進化上保守的Wnt，Notch，Rig樣受體，Nod樣受體和Dicer信號傳導的模型。

　　O. faveolata轉錄組中Wnt樣蛋白序列的系統發育分析

　　來自N.vectensis(Nvec)，O。faveolata(Ofav)，A.pallida(Apall)，A。digitifera(Adig)和A.millepora的預測蛋白質序列用于具有100個引導的似然系統發育估計。

　　O. faveolata是一種珊瑚物種，已在氣候驅動的壓力和疾病下廣泛研究，目前的研究提供了推定調節其免疫系統的基因的新數據。

　　凈信誠邀各大測序公司及技術服務公司一起合作，為單細胞測序的發展貢獻力量。有合作意向請撥打：021-57790908，郵箱：zhujianming0374@163.com

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